Systemkonfigurationsmodulet bliver brugt af system designeren til at opsætte individuelle stationer (Single-User, Server eller Operatør stationer) i IGSS systemet, hvor system designeren kan opsætte alle stationer fra ét sted på IGSS serveren.
Systemkonfigurationsmodulet bliver også brugt til at opsætte og aktiver kommunikation mellem IGSS og dataindsamlingsenhederne, typisk PLC maskiner og er til og med også brugt til at definere og konfigurere forbindelses driverne og IGSS system til daglig drift.
System designeren kan anvende Systemkonfigurationsmodulet til at definere de generelle indstillingerne på dataindsamling og datareduktion, hvor intervallerne for indlæsning af dataindsamlingsenhedernes processværdier opsættes og indstillinger til selve dataindsamlingen oprettes - for eksempel hvis en procesværdi er ændret mere end 5% Disse indstillinger bliver så brugt til at opsætte de individuelle dataindsamlingsparametre på de IGSS objekter der forbindes til dataindsamlingsenhederne.
Parametre for beregninger til data reduktion er også sat – for eksempel om data reduktion skal finde sted hver anden minut eller hver halve time. Disse værdier er så brugt til at definere individuelle dta reduktions intervaller på de IGSS objekter der bruges til at forbinde til dataindsamlingsenhederne.